1659年（南明永历十三年，清顺治十六年）二月二十一日，清军渡过怒江逼近腾越州，大将李定国决定利用地势的优势伏击清军，磨盘山血战即将展开。病重昏迷数日的南明太子朱慈煊突然醒来，睁开了一双超出这个世界认知的双眸。在李定国和白文选，沐天波的辅佐下，朱慈煊在腾越建立指挥中枢，发展力量，收拢了高文贵、靳统武、杨武、梁杰、吴子圣、吴三省、郭尚贤、王国勋等在云南迤西边境地区的南明军队磨盘山之战后，朱慈煊向永历皇帝请命，留在腾越主持大局，而贪生怕死的朱由榔在马吉祥的撺掇下，一心只想逃往缅甸，父子分道扬镳。后朱慈煊反攻昆明，擒杀吴三桂，掌控云南，朱由榔在众将压力下下诏太子监国，自己则在滇京皇宫再也不问朝政。在朱慈煊的经营下，南明一系逐渐兵强马壮，南越和暹罗，先后归附，成为了大明的重要产粮区，缅甸反叛，被朱慈煊灭国。稳定云南后，明军出滇北伐，两年鏖战后，明军饮马长江，半壁江山被明军掌控，疏于战备的八旗军一路败退，和汉军绿营一起依靠长江天险而守，不料在明军新一代炮舰的攻击下，很快溃败，明军北渡，将清军赶回了关外。